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Psicofarmacología 76

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Revista Latinoamericana de Psicofarmacología y Neurociencia.

Dr. Daniel Serrani PEX26

Dr. Daniel Serrani PEX26 PEX3 PEX5 PEX5L PEX6 PEX7 PFKF83 PSMD11 PTK2 RTVP1 SASH1 SCG10 SFRS6 SFRSS SLC4A4 S3GL2 SOHLH2 SPATA1 SPATA12 SPATA13 SPATA16 SPATA17 SPATA18 SPATA19 SPATA2 SPATA20 SPATA21 SPATA22 SPATA24 SPATA2L SPATA3 SPATA4 SPATA5 SPATA5L1 SPATA6 SATA7 SPATA8 SPATA9 SPATC1 SPATS1 SPATS2 SPATS2L TIMP3 TLS/FUS-ERG TUBA1B UBC URB1 URB2 ZNF706 TB E DM+TDAH DM+E TB TB TDAH+E E TB+E DM+E TB+E TB+DM TB+E TB TB+DM 1.23E-04 4.03E-04 4.34E-04 4.34E-04 4.11E-04 3.48E-04 4.34E-04 8.13E-04 9.64E-04 2.11E-04 3.78E-04 1.22E-04 1.22E-04 1.20E-04 2.11E-04 6.91E-04 6,51E04 5.36E-04 9.64E-04 2.38E-04 4.56E-04 4.11E-04 3.78E-04 4.56E-04 2.11E-04 1.22E-04 3.59E-04 3.78E-04 6.87E-04 8.13E-04 6.65E-04 2.11E-04 1.20E-04 6.65E-04 5.38E-O4 6.87E-04 4.56E-04 1.23E-04 4.34E-04 4.56E-04 8.13E-04 1.12E-04 6.23E-04 4.34E-04 2.38E-04 1.23E-04 6.87E-04 4.56E-04 6.87E-04 0.17 0.15 0.15 0.15 0.07 0.04 0.36 0.25 0.12 0.15 0.03 0.36 0.17 0.39 0.14 0.07 0.17 0.25 0.07 0.21 0.22 0.28 0.02 0.21 0.02 0.02 0.28 0.28 0.02 0.21 0.23 0.28 0.21 0.21 0.21 0.02 0.21 0.02 0.03 0.21 0.21 Genes de control aleatorios La lista de estos genes de muestra se generó a partir del Affymetrix® Human Gene 1.1 ST Array Strips procesado en el sistema GeneAtlas, incluyendo 3 réplicas a partir de 4 tejidos diferentes (corazón, hígado, próstata y tejido testicular) incluyendo 8570 genes. A su vez, se produjo una lista aleatoria de estos a partir de un programa de generación de listas aleatorias (http://www.random.org/lists). Se compagi- 36 // EDITORIAL SCIENS

Psicofarmacología 12:76, Octubre 2012 naron nuevos conjuntos de listas aleatorias de genes para cada comparación. Análisis estadístico La tasa de GWAS para cada conjunto de genes en las bases de datos genómicos de SLEP y UCSC se determinó de manera empírica comparándolos con series aleatorias de conjuntos de genes. Para comparación de los genes CLOCK centrales se generaron listas aleatorias de 20 genes usando la base de datos de SLEP y UCSC bajo los mismos parámetros empleados para la determinación de los genes CLOCK centrales (Figura 7). La tasa de asociación GWAS en las bases genómicas SLEP/UCSC para las series de genes CLOCK centrales, moduladores y regulados se determinó comparándola con las tasas correspondientes para conjuntos de genes seleccionados aleatoriamente con igual número de genes con respecto a: 1) genes CLOCK centrales, 2) genes moduladores de genes CLOCK y 3) genes rítmicos, débilmente rítmicos y arrítmicos. Del conjunto de genes controlados por los genes CLOCK, 2067 eran rítmicos en 2 a 5 tejidos, en tanto que los genes de baja ritmicidad fueron excluídos. Debido a que algunos genes tienen nombres alternativos que no se ajustan a los términos empleados en las bases genómicas SLEP/UCSC, se formaron listas de genes un poco más largas que las listas originales no aleatorias. En este caso los genes cuyos nombres no se ajustaron a la terminología de las base genómicas se excluyeron de consideración a los fines comparativos y sólo se contabilizaron las tasas de asociación para las búsquedas con nombres válidos. Para el caso de los genes CLOCK centrales, se llevaron a cabo 20 repeticiones de este proceso de selección aleatoria, por lo cual se obtuvo un total de 470 búsquedas válidas (10 extras). Para el caso de los genes moduladores, se buscaron conjuntos de 567 genes (20 extras) usando los parámetros de búsqueda de las bases genómicas SLEP/UCSC. Debido a que la tasa de asociación para los genes moduladores no se pudo diferenciar de los controles, se llevaron a cabo 10 replicaciones de este proceso, obteniéndose conjuntos de 5670 genes. A partir de esta tasa basal, la frecuencia de asociaciones positivas tanto para Figura 7 Método de generación de listas de genes CLOCK centrales, moduladores de CLOCK, regulados por CLOCK y listas aleatorias de genes para comparación. Método para el análisis de los genes clock y los genes aleatorios para los tres conjuntos de genes (cloc centrales, reguladores y regulados) en tanto que la tasa de asociación en SLEP/UCSC se determinó para conjuntos de genes seleccionados al azar que contenían un número de genes similares a 1) genes clock centrales, 2) genes moduladores de clock, 3) genes rítmicos permanentes, débimente rítmicos y arrítmicos. De 8750 genes regulados, 2057 fueron rítmicos permanentes o débilmente rítmicos. De estos últimos y de los arrítmicos se seleccionó una muestra de 85 y 89 genes, respectivamente. EDITORIAL SCIENS // 37

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